在做3721的時候,周鴻祎就曾遇到同樣以搜索服務為核心業務的CNNIC(中國互聯網信息中心),隨后,還有以搜索起家的百度推出競價排名,都紛紛加入戰局在搜索市場展開競爭。2002年,周鴻祎找到李彥宏提出合作,卻被李彥宏以“同為搜索引擎會有競爭為由”拒絕。
幾個月后,百度自行推出百度搜霸,用戶安裝的同時會卸載3721。百度這一“無恥”行徑徹底惹毛周鴻祎。作為反擊,他不僅修改軟件代碼,使3721難以被卸載,還一度增加了強勢卸載百度地址欄插件的功能。隨之,百度以不正當競爭為由將其告之法庭,結果不言而喻,周鴻祎,輸。據當時媒體報道,從法庭出來后,周鴻祎與李彥宏差點動手。
2003年,輸了官司的老周轉身將自己連帶3721一起打包賣給雅虎,試圖用雅虎的強勢地位在搜索領域進行突圍,然而卻陷入了跨國公司在中國文化沖突與話語權之爭的典型困境。2005年8月,在執掌雅虎中國18個月后周鴻祎選擇離開。
離開后他創辦了奇虎360,因為痛恨到處橫行的“流氓軟件”,他抽調隊伍進入查殺流氓軟件的行列,進軍免費殺毒,這一行為直接將雅虎中國最賺錢的“雅虎助手”軟件從瀏覽器中徹底清除。毫無懸念,接手了雅虎中國的馬云開始與周鴻祎相互“封殺”,后來直接從罵戰升級為訴訟。結果,周鴻祎,輸。
而對于與騰訊的那場戰斗,更是稱得上是改變中國互聯網歷史的一場大戰——3Q大戰。周鴻祎在新書《顛覆者:周鴻祎自傳》中也首次披露了當年與騰訊展開那場安全軟件紛爭的心路歷程。而這一戰的結果是,周鴻祎出逃香港,輸。
2010 年春節期間,正在海南度假的周鴻祎接到齊向東打來的緊急電話,稱QQ 醫生開始在PC 端進行強制捆綁,只要QQ用戶一上網就會被強制下載安裝。這件事可以說是掀起這場戰役的導火索。