雖然在1990年代之前,中央政府也曾多次劃定“全國重點大學”的名單,但大學之間的等級并沒有后來發展得那么復雜與森嚴。
1993年7月,當時的國家教委決定設置“211工程”,即面向21世紀重點建設100所左右高等學校和一批重點學科點。1998年5月4日,時任國家主席江澤民在北京大學百年校慶大會上向世界宣告:為了實現現代化,我國要有若干所具有世界先進水平的一流大學。教育部因此開始實施“985工程”。在“211”大學的范圍內,通過數次畫圈,又選出39所大學。
在這些學校中,撥款與定位又分若干層次。例如,第一層級是北大、清華,目標為“世界一流大學”,一期撥款額度是18億。第二層級是國內一流、國際知名高水平大學,這其中仍有差別,其中浙大14億;南大、復旦、上海交大、北師大各12億;哈爾濱工業大學、北京理工大學10億;中國科大、西安交大9億。此外,從1992年開始還三次畫圈,確定了31所副部級大學,即學校的校長與書記都是副部級,由中央直接任命。
根據《高教資源分布》一書,代表中國優質高等教育資源的“211”與“985”學校大多集中在東部地區。一些曾在計劃經濟時期名震全國的老牌重點大學,盡管后來也入選“211”和“985”,但由于地處中西部地區及東北三省,皆不同程度地出現了人才流失、經費不足、學校學科排名與聲譽下降的狀況。