北宋初年,福建東海一帶經常鬧海災,漁民傷亡慘重。此事經赤腳大仙奏明玉帝,申請加封一位海神,統管海上救生諸事宜。在王母娘娘的支持下,赤腳大仙于莆田湄洲島發現了俠義、善良有德行的林愿,并請觀音菩薩賜林妻懷孕,十四個月后產下一女孩,取名默娘。此女出生后聰明無比,更揣善良濟世之心。菩薩和大仙甚喜,相約暗地收她為徒,逐漸教她醫術、預測、觀天象等法力,以便將來能承擔海神之重任。
默娘長大成人,她身具靈異,能觀天象,預知陰晴,屢次幫助漁民避免了海災的傷害,因此,極受村民們信任、推崇。默娘在菩薩和大仙的幫助下,有了預見海上災難的能力,并可在昏睡狀態下靈魂出竅,飛躍救人。
海面上的諸多災難均與東海龍宮二王子睚眥有關。睚眥是個窮兇極惡的家伙,他偷煉乾坤大法,企圖稱霸東海,不想造成昏迷現出原形,被漁民捕獲。幸虧少年默娘心懷仁慈之心,纏著哥哥把睚眥贖下放生,睚眥得救后,不思報答,反而煞費苦心迫害漁民以圖報復,他手下的海妖晏公百般擾民,林愿只好求知縣江施旗請玄通道長降妖。不想玄通修行過淺,反被晏公逃脫,江施旗的兒子也被晏公報復,成為瘸子。
在一次與海妖周旋中,默娘救下了官船,為首的統帥為朝廷使臣吳宗倫。吳宗倫事后登門致謝,兩人相談甚歡,默娘經吳宗倫點撥,知道了許多外面的大事。
睚眥的篡位欲望不斷升級,最后把親兄弟狴犴圍困在無名島上,殺掉并埋葬于亂石下。高手對決引起巨大海難,默娘參加許茂盛的婚禮喝醉了,雖然飛去海上出事現場,然而,功力不足,眼看楊生全葬身海底。她帶著楊生全的父母找回楊生全的尸體,幸運的是,楊生全竟又奇跡般地活了過來。楊生全死里逃生,卻因受刺激而大腦失去了記憶。原來他是四王子狴犴所化。
吳宗倫的管家登門向默娘求婚,默娘得知吳宗倫辭官回鄉的音訊后,非常慨嘆,幾經與吳溝通后,默娘被吳宗倫的寬恕大度所感動,她接受了吳宗倫的主張,嫁給他為妻。默娘與吳宗倫相約,婚而不嫁,兩人是同居不同房。
默娘為救下官船,在海灘上又遭受睚眥及其嘍啰的攻擊,終因寡不敵眾,默娘倒在沙灘上。待菩薩和大仙趕屆時,她已沒了呼吸……菩薩和大仙封住默娘的魂靈,然后由大仙去玉帝面前為她懇求海神封號,卻遭到四海龍王聯手對立。默娘的死訊傳來,驚擾了五湖四海信眾,紛繁出資為她建廟,香火直沖九霄,感動玉皇大帝和王母娘娘,贊同加封默娘為海神,封號媽祖。
媽祖將睚眥侵等人的罪行向玉帝稟報,讓惡人受到了應有的懲罰。在人證物證面前,睚眥一伙均無可抵賴,受到了天律的嚴懲。媽祖的水闕仙班得以順利組建,她繼續帶領部屬們,巡邏在遼闊的海面上。